O DMAT é responsável pelos seguintes cursos de Mestrado, todos com a duração de dois anos lectivos e 120 ECTS. Trata-se de projectos com um cariz profissionalizante que, simultaneamente, dão acesso aos Ciclos de Estudo ao nível de Doutoramento.

Nos projectos de ensino pós-graduado a nível de 2º ciclo o DMAT é responsável pelos Mestrados em Estatística, Matemática e Matemática e Computação.

Consciente das necessidades sociais existentes no âmbito da estatística, o curso de Mestrado em Estatística para Ciência de Dados pretende formar profissionais para integrar o mercado de trabalho como técnicos superiores em diversas vertentes.

O Mestrado em Matemática e Computação é um curso com ênfase nas soluções computacionais de problemas matemáticos e na aplicação dessas soluções nas ciências e tecnologias, incluindo as Ciências da Computação.